一、根系
花椒为浅根性树种，主根不明显，侧根较发达，大树水平扩展可延伸到树冠径的2倍多。盛期以前根系多集中分布在树冠投影以内，进入盛果期后根系多分布在树冠投影以外。花椒的主根由种子的胚发育而成，一般只有20-40厘米长，在主根上着生侧根，侧根再不断分级，形成侧根纵横交织的庞大根系网络。随树龄增加，侧根不断加粗向四周伸展，构成了花椒根系的主要骨架。
花椒的须根十分发达，这是该树种的一个突出特征。须根是由骨干根发出的细根上再多次分生而成的，一般在0.5-1毫米，由于多次分叉，垂直与水平分布交错，形成了密集的网络状。吸收根较细且短，趋肥趋水性强，是吸收无机养分的主体。
花椒根系分布规律是：垂直根不发达分布浅，水平发达延伸远。根系入土深度受土层厚度、土壤理化性状影响较大。在土壤疏松、通气良好、水分充足时，垂直根则可以分布较深，最深的可达1.5米，但一般仅分布到40-60厘米的土层中，须根则分布在10-40厘米的土层内，可占到总量的60%以上。
花椒根系没有明显的自然休眠，但受温度限制，生长表现为一定的周期性。春季当地温达到5℃以上时，根系开始生长；落叶后，当地温降到5℃以下时，根系呈休眠状态。据朱健等研究，在韩城一年中根系生长有三个高峰期，第一次在发芽前约20天至发芽开花前（3月5日至4月5日）；第二次在6月中旬到7月中旬，高峰期在7月上旬；第三次在9月上旬至10月上旬。
二、芽
芽是花椒发枝生叶形成营养器官和开花结果的基础。花椒的芽属再生腋芽，为混合型芽，无花芽与叶芽明显之分。在幼树期，生长旺盛的一年生枝上，多为叶芽；进入结果期后，在一个发育完全的一年生枝上，根据其形态和最后长出的结果，可分为混合芽、营养芽和潜伏芽。
1、混合芽（又称花芽）：芽内包含花器和雏梢的原始体。无论是顶芽、假芽或枝条上部的侧芽，只要发育饱满，体积大，一般都能开花。着生在枝条顶端的花芽叫顶芽，形成的花芽充实，花量大，果序也大；着生在叶腋间的花芽叫腋花芽，果序次之；着生在老枝、弱枝、果苔副梢上的花芽不充实，开花少，坐果差。
开花过程是春季萌芽后，先抽生一段新梢，在新梢顶端抽生花序，并开花结果。混合芽的芽体为圆形，被一对鳞片包裹，发育充实的混合芽，芽茎宽1.5-2毫米。一般生长健壮的果枝上部2-4芽都为混合芽。花椒连续结果能力很强，栽培上应充分利用这一特点。
2、叶芽：芽内只包含枝叶的原始体，萌发后抽生营养枝。叶芽的着生部位在当年抽生的壮发育枝、徒长枝、萌枝上，除基部潜伏芽外多为叶芽。叶芽随枝龄变化多转为混合芽。潜伏芽寿命可长达10年之久。利用叶芽质量的好坏，着生部位，方位，可进行整形工作，利用潜伏芽可进行衰老枝组更新和骨架枝的更新。
3、芽的生长：除潜伏芽外，其他芽分化期一般从5月下旬6月上旬开始，一直可分化到翌年发芽前。3月下旬至4月上旬，当气温达到10-20℃时芽子开始萌发。从第一个芽萌发到全部萌发出叶，约需15天左右。此期易受低温、晚霜为害。
